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    萬(wàn)萬(wàn)沒(méi)想到,云原生基礎設施還能加速農作物基因測序

    2020-12-25 09:13:21   作者:   來(lái)源:CTI論壇   評論:0  點(diǎn)擊:


      基因研究一直是農作物科學(xué)領(lǐng)域的一大高地,基因測序工程集合了DNA聚合酶、納米技術(shù)、高性能計算等領(lǐng)域尖端科技,進(jìn)行農作物全品種基因測序,對推動(dòng)農業(yè)發(fā)展、增加作物產(chǎn)量,起到關(guān)鍵作用。
      然而,基因測序工程,動(dòng)輒需要數萬(wàn)/數十萬(wàn)個(gè)基因測序及模型建立,需要大量的計算和存儲資源,常見(jiàn)的基因轉換、拼接、對比、注釋全流程,用一臺高性能服務(wù)器運行耗時(shí)30多個(gè)小時(shí),數萬(wàn)乃至十萬(wàn)級的基因測序任務(wù),對網(wǎng)絡(luò )、存儲、算力,以及業(yè)務(wù)響應的及時(shí)性、可靠性、安全性有極高的要求。尤其是隨著(zhù)第三代測序的推廣,在極大提升了測序準確性的同時(shí),對計算資源也需求增長(cháng)了數百倍,自建數據中心進(jìn)行基因測序,在技術(shù)、建設周期和投資成本、運維成本上都面臨巨大的挑戰。
      華為云容器批量計算 讓基因測序開(kāi)足馬力
      早在2018年,華為云就針對基因測序行業(yè)所面臨的困難,提供基于容器技術(shù)的解決方案,并發(fā)布了基因容器服務(wù)(Gene Container Service, GCS)。今年,綜合基因測序、AI、大數據、HPC等場(chǎng)景的共性訴求,華為云將基因容器全面升級容器批量計算服務(wù)(Batch Container Engine,BCE),為基因測序提供更高效、更易用、極致性?xún)r(jià)比的解決方案。
      
      容器批量計算服務(wù)基于云容器引擎(CCE)、云容器實(shí)例(CCI)、智能邊緣平臺(IEF)等基礎設施,提供多集群、多任務(wù)/異構資源混合調度能力,并支持多隊列管理,讓多業(yè)務(wù)應用規劃更便捷。相比于傳統批量任務(wù)處理方案,容器批量計算服務(wù)在性能、調度、運維、成本等方面都具備明顯優(yōu)勢:
    • 更高效 任務(wù)處理性能提升30%以上
      面向容器/應用的調度算法優(yōu)化,TPC-DS測試較原生K8s效率提升30%以上,調度性能1000 PODs/秒 ,業(yè)界平均水平的十倍,同時(shí)支持跨Region進(jìn)行資源調度,保障算力充足可用。
    • 更易用 開(kāi)箱即用免運維
      通過(guò)自動(dòng)統一的資源管理,屏蔽復雜的環(huán)境依賴(lài),用戶(hù)不用考慮環(huán)境維護成本,僅需要將精力專(zhuān)注在應用本身,開(kāi)箱即用,一處部署,處處可用。
    • 極致性?xún)r(jià)比 實(shí)現性能與成本的最佳平衡
      基于容器技術(shù),提供秒級彈性伸縮能力,擴容速度可達30秒擴容8000核,在流量突增時(shí)能快速彈性擴容,保障業(yè)務(wù)的連續性和高穩定性,通過(guò)按秒計費策略實(shí)現成本的精細化管理。
    • 豐富的硬件生態(tài) 滿(mǎn)足不同場(chǎng)景的差異化算力訴求
      容器批量計算支持 X86、鯤鵬、昇騰、GPU等多樣化算力集群的混合部署,結合業(yè)務(wù)特點(diǎn),靈活分配資源,同時(shí)支持推理流量多種分發(fā)策略,可使綜合成本降低30%。
      云原生高性能計算 行業(yè)客戶(hù)首選
      基于容器批量計算,華為云還推出了云原生高性能計算解決方案,并與生物、醫療等各行業(yè)知名廠(chǎng)商合作,形成面向不同細化領(lǐng)域的行業(yè)化解決方案:
    • 華大基因:云原生高性能計算解決方案為華大基因提供云端基因測序解決方案,通過(guò)對常用的軟件優(yōu)化,更好的支撐DNA、RNA、液態(tài)活檢等主流生物基因測序場(chǎng)景。
    • 武漢希望組:利用三代測序優(yōu)勢,并采用5G傳輸、云原生高性能計算解決方案作為分析引擎和算力資源池,構建全流程的病毒基因組實(shí)時(shí)分析平臺,適合在大范圍內同時(shí)開(kāi)展疫情的檢測工作。
    • 金橡醫學(xué):基于云原生高性能計算解決方案打造的全容器基因測序解決方案,使得將有限的資金實(shí)現最大化利用,助力金橡醫學(xué)在市場(chǎng)上占得先機。
    • 上海生科院:VIC(Virus Identification Cloud)得到云原生高性能計算解決方案強大計算能力的支持,可提供高通量多樣本并行云端分析能力,助力臨床診斷,還可監測病毒變異趨勢。
      云原生高性能計算解決方案以應用為中心,并基于華為云擎天架構的深度軟硬協(xié)同能力,為業(yè)務(wù)提供多元算力、極致性能、極致體驗的云原生基礎設施,還再次升級了企業(yè)應用架構,統一企業(yè)在線(xiàn)與離線(xiàn)業(yè)務(wù)的運行平臺,簡(jiǎn)化業(yè)務(wù)運維、提升資源利用率,進(jìn)一步加速了企業(yè)業(yè)務(wù)敏捷創(chuàng )新,目前已經(jīng)在A(yíng)I、大數據、視頻轉碼等領(lǐng)域得到廣泛應用。
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